הטיפולים במכון מתנהלים במתכונת פרטנית, פגישה אישית עם המטפל הקוגניטיבי (ניתן גם דרך הזום). 

1. הפגישה הראשונה מוקדשת לאיסוף מידע. במהלך הפגישה שואל המטפל שאלות רבות, שעיקרן בחינת התפקוד היומיומי של האדם במטרה לאתר את הקשיים בחשיבה. 

2. הפגישות העוקבות מוקדשות לתהליך של אימון קוגניטיבי באמצעות תוכנות מחשב או מטלות אחרות. האימון מתבצע בנוכחות צמודה של המטפל, זאת על-מנת לסייע בזיהוי הכשלים בחשיבה ובחינת השפעתם על חיי היומיום. 

3. בשלבים מתקדמים יותר בטיפול, האדם לומד לפצות על הכשלים באמצעות עזרים ואסטרטגיות מפצות. לדוגמא, אדם שהתקשה להשלים את מטלותיו בשל בעיות בקשב ובריכוז, ילמד כיצד לנהל נכון יותר את משאבי הקשב שלו, לארגן ביעילות את סדר היום ולבסוף לבחור בתחום תעסוקתי שהולם את יכולותיו. טיפול בקשיי זיכרון יעסוק בתהליכי קליטה, קידוד ושליפה של מידע, כדרך להבטיח תפקודי זיכרון משופרים. דרך תרגול המטופל מתוודע לגורמים לליקויי הזיכרון ומתרגל אסטרטגיות פיצוי לחיזוק היכולת.

הטיפול הקוגניטיבי הינו קצר-מועד ומשכו לא צפוי לעלות על כ-20 פגישות.